队伍名称
合成一下
CD40L 结合蛋白RFdiffusion 从头设计以 CD40L 为靶点，从头设计蛋白结合剂，并用 SPR 测到最高 2.77 nM 的亲和力
厦门大学化学化工学院T1 医药健康
项目名称
CD40L 结合蛋白RFdiffusion 从头设计
T1 医药健康CD40LELISA + SPR
厦门大学「合成一下」使用 RFdiffusion 生成骨架、ProteinMPNN 反译序列，筛出五条候选蛋白并以 SPR 复核亲和力。
- 队伍名称
- 合成一下
- 所属院校
- 厦门大学化学化工学院
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队伍口号
“智构免疫 ”
项目背景
CD40L 靶点与从头蛋白设计
免疫系统是人体抵御疾病的重要防线，而其中蛋白质之间的相互作用对免疫调控发挥着关键作用。项目目标是设计能够特异性结合 CD40L 的新型蛋白分子。改造已有抗体依赖已知模板，从头设计则需要直接建立新的结合结构。RFdiffusion 等生成模型使无天然模板的候选蛋白骨架设计成为可执行方案。
研究路径
计算生成与结构筛选
第一步使用 RFdiffusion 生成约两千个初始蛋白骨架，仅确定候选结构。第二步使用 ProteinMPNN 为每个骨架反译 5 条候选序列。该步骤从目标折叠反推可形成相应结构的氨基酸序列。第三步使用 AlphaFold2 与 Rosetta 复核结构合理性和结合界面稳定性。复核同时评估候选序列的折叠一致性与 CD40L 结合界面能量。生成、序列设计与结构复核构成相互校验的从头蛋白设计流程。
- 靶点
- CD40L
- 最优亲和力
- KD 2.77 nM
- 候选
- JFL1–JFL5
项目过程
项目推进与验证路径
- 01
阶段 1
候选制备与亲和力验证
SPR 传感图上并排三条曲线，对应候选 JFL2、JFL4、JFL5，JFL2（31.5 nM）和 JFL5（2.77 nM）达到高亲和力水平，JFL4（144 nM）表现为中等亲和力。作为参照，一般认为 KD < 100 nM 可视为较高亲和力，KD < 10 nM 通常属于超高亲和力。按上述标准，JFL5 的 2.77 nM 属于超高亲和力范围。此外完成了分子动力学模拟，用 RMSD、RMSF、Rg、SASA、氢键等指标评价复合物的构象稳定性。 - 02
阶段 2
计算设计流程贯通
前期调试围绕 RFdiffusion 参数和 ProteinMPNN 序列选择展开。计算链路包括从生成骨架，到 MPNN 反译序列，再到结构预测与 Rosetta 的层层筛选，最后筛得高潜力候选蛋白。
项目证据
项目图表与方法记录
团队协作
计算、实验与候选复核记录
队伍影像