项目假设理想蛋白质可描述为由功能、结构、环境和系统共同决定的分段函数。函数包含功能、结构、环境与系统四类变量。分段的依据：有些位点主要由结构和环境来决定，一些主要由功能来决定，这是两段函数。左预测极限和右预测极限，若是不同，则代表其为间断点。不同位点分别受结构稳定性、环境适应性和功能约束影响。在两类位点的交界处，会出现「间断点」 —— 从左边推过去和从右边推过来，答案不一样。间断点用于定位蛋白序列中约束关系发生变化的位置。

项目选择半胱氨酸合成这条通路，选用其中一个关键酶作为研究靶点。选择依据是：18 万多条同源序列里，99% 都是同一个氨基酸，用于检验高保守位点的功能约束。

环境因素被拆分为可独立分析的维度。筛选按离子、元素、代谢物、pH 与温度五个维度分层进行。每张图上，一个点是一个物种或培养条件，横轴是加权组合后的组间距离。分层的意义在于可归因。分层分析用于区分温度、pH 等环境因素对位点特征的独立贡献。支撑这些的底层数据也在图里：培养基相似度的累积分布覆盖 499 个物种、850 对培养基，均值 0.8045。